Az Európai Mezőgazdasági Vidékfejlesztési Alap (EMVA) keretében 34 őshonos és 1 veszélyeztetett haszonállatfajta megőrzését támogatják. Idén nemrég a magyar merinói juh lett a második veszélyeztetett fajta, miután gyapja értéktelenné vált, de indokolt lett génállományának megőrzése. A juhoknál a génmegőrző állományoknál egyedenként 45 euró, míg a fajtafenntartóknál egyedenként 24 euró támogatás vehető igénybe.
Az utóbbi években a legtöbb őshonos és veszélyeztetett fajtának jelentősen nőtt az állománya, kivéve egy-két lófajtát. Míg 2000-ben 2913 magyar szürkemarha tehén volt, tavaly számuk 12939-re gyarapodott. Nőtt például a racka juh, a cigája, a cikta, a parlagi szamár, a parlagi kecske, a rézpulyka, a magyar lúd, a magyar parlagi gyöngytyúk, vagy hucul ló állomány is.
Támogatásban a törzskönyvezett nőivarú egyedek részesülhetnek, ha az állattartó vállalja, hogy a tenyésztési program előírásait betartva tartja az állatait. A legelső, 2010-ben benyújtott támogatásoknál (amelyek kötelezettségvállalása idén december végén jár le) összesen 29,2 millió euró forrás áll rendelkezésre, mely az állattartók többletköltségeit 100 százalékban uniós támogatásból fedezi.
A már említett állatfajták esetében a genetikai erőforrások megőrzésére legutóbb négy célprogramra lehetett kérelmet benyújtani. A tenyésztésszervezési feladatok elvégzésére, körzeti tenyésztők, azaz instruktorok alkalmazására 720 eurót kaphat havonta egy személy. A tájékoztatás és ismeretterjesztés keretében lehetőség van szakkönyvek, szórólapok, tájékoztató füzetek, poszterek kiadására, hazai és nemzetközi konferenciák szervezésére valamint, azokon való részvételére, szoftverek fejlesztésére, honlapok fejlesztésére. Az in vitro célprogramban a genetikai anyagok (sperma, petesejt, embrió) mélyhűtve történő megőrzését támogatják. Az ex situ keretében a hím ivarú állatok vásárlására, és felnevelésére lehetett pályázni.
A benyújtott 237 kérelemből 179 gazda kap támogatást. A legutóbbi kiírásban kötelezettségvállalási időszakuk 2017. április 30-ig tart. Az FM tájékoztatása szerint a teljes 5 éves támogatási időszak forrása 9,8 millió euró. Az elszámolható költségek 90 százalékát uniós forrásból fedezik, 10 százalék önerő szükséges.
