Az egyik fő kifogás az volt, hogy a szlovák védelmi minisztérium felépítését tekintve túlságosan katonai alakulat jellegű, pedig civil intézménynek kell lennie, annak a NATO-ban uralkodó szemléletnek megfelelően, hogy a haderő felett polgári kontrollra van szükség. Az is bírálat tárgya volt, hogy a NATO pénzén sok szlovák katonai szakértőt kiképeztek, de azok mégsem kaptak állást a védelmi tárcánál Kanis miniszter idejében, aki ezekben a beosztásokban továbbra is meghagyta a volt csehszlovák és szovjet katonai főiskolákon végzett embereket. A parlamenti védelmi bizottság tudott erről, maga a bizottsági elnök is többször figyelmeztette a minisztert, de eredménytelenül. Vladimír Palko szerint ez volt a miniszter bukásának egyik fő oka -- bár nem vitatja, hogy működésének két éve alatt fontos intézkedések is történtek (kidolgozták a haderőreform 2010-ig szóló koncepcióját, a minisztériumot integrálták a vezérkarral, meghatározták a biztonsági stratégia alapelveit).
A NATO pontosan megfogalmazott elvárásai szerint az új miniszter idejében megvalósításra váró fő feladatok: be kell fejezni az új szlovák biztonsági és katonai stratégia kidolgozását, törvénymódosítással világosan meg kell határozni az államfő, a miniszterelnök, a kormány és a védelmi miniszter hatáskörét a fegyveres erők irányításában, a minisztérium rendelkezésére álló pénzeket hatékonyabban kell felhasználni, és a NATO-tagországok hatéves terveinek mintájára át kell térni a ciklusos (tervezéses) védelmi rendszerre, a pénzforrások pontosabb megjelölését is beleértve. Nem utolsósorban pedig Szlovákiát megbízható embernek kell tábornoki szinten képviselnie a NATO katonai missziójában. Az új miniszter (akit a koalíciós szerződés értelmében a Demokratikus Baloldal Pártja javasolhatott erre a posztra, és aki eddig Prágában teljesített diplomáciai szolgálatot) szintén azt hangsúlyozta a Národná Obroda kérdéseire válaszolva, hogy Szlovákiának olyan lépéseket kell tennie, amelyek erősítik iránta a NATO bizalmát.