Az egyetem alapításáról szóló közös kormányfői nyilatkozatot Orbán Viktor miniszterelnök kezdeményezésére, a Bajorország miniszterelnöke, a baden-württembergi tartomány miniszterelnöke és az Osztrák Köztársaság kancellárja írta alá. Pálinkás József, az oktatási tárca politikai államtitkára elmondta: az egyetemen kezdetben három, Magyarországon már megalapított szakirányú továbbképzési szakon (európai szakértő/diplomata szakirány, gazdaságpolitika szak, európai uniós szakjogász) kezdődik meg az oktatás. A három továbbképzési szakot három intézet gondozza: a Nemzetközi Kapcsolatok Intézete, a Közép-európai Tanulmányok Intézete és az Összehasonlító Állam- és Jogtudományok Intézete.
Az önálló intézményként működő AE képzésében hetvenöt hallgató vehet részt, akik egyenlő arányban érkeznek a magyar nyelvterületről, más közép- és kelet-európai országokból, valamint a német nyelvterületről. A képzés négy féléves, költségtérítéses, de állami ösztöndíjakat is biztosít.
Az AE fenntartója a magyar kormány által alapított Budapesti Német Nyelvű Egyetemért Közalapítvány lesz. Az egyetem épülete a Nemzeti Múzeum mögötti, az ELTE használatában lévő egykori Festetics-palota. Az egyetem alapításához eddig a magyar kormány 523 millió forintot biztosított az épület kiváltására, 746 milliót az épület műemléki felújítására, 690 milliót pedig az egyetemi funkciók ellátására. Pálinkás József elmondta: 2001-ben 229 millió forintot taksál a működési költségvetés, és 80 millióra rúg a közalapítvány induló vagyona, amelyet szintén a magyar fél biztosít.