Az állami és egyházi fenntartású felsőoktatási intézményeket érintő ellenőrzés-sorozat az SZTE-re vonatkozó megállapításai szerint 2009-2013. között az egyetem pénzügyi egyensúlya biztosított volt, a likviditási helyzete azonban a 2012-től romlott, 2012-2013-ban a pénzeszközök már nem nyújtottak fedezetet a rövid lejáratú kötelezettségek teljesítéséhez. A likviditás romlását elsősorban a betegellátás területén jelentkező forráshiány okozta.
Az SZTE három alapfeladata az oktatás, a kutatás és a gyógyítás, 2013-ban 12 karon folyt felsőfokú képzés, illetve kutatási, művészeti tevékenység. A hallgatói létszám 2013-ban 23 305 volt, ami 13,1 százalékkal kevesebb a 2009-esnél, az oktatók száma 1623-ról 1544-re csökkent. A vizsgált öt évben az SZTE kiadásainak összege 319,5 milliárd forint volt, ehhez 91,4 milliárd forint költségvetési támogatást kapott.
Az ellenőrzés a rendszeres és nem rendszeres személyi juttatások, a dologi és a felhalmozási kiadások előirányzatának felhasználásánál, valamint a működési bevételek beszedésénél tárt fel szabálytalanságokat, mivel a gazdálkodási jogkörök gyakorlása nem felelt meg a jogszabályi előírásoknak. A személyi juttatások kifizetését esetenként nem vagy nem teljesen támasztotta alá munkaidő-elszámolás, egyedi esetekben hiányzott a munkaköri leírás. A közbeszerzések alkalmazásánál esetenként megsértették az egybeszámítási szabályokat, illetve más előírásokat. Az idegennyelvű képzések devizában befizetett hallgatói költségtérítéseit nem a kincstár által vezetett számlán kezelték. A hallgatói költségtérítéseket nem alapozták meg önköltségszámítással.
Az SZTE a vagyongazdálkodással kapcsolatos belső szabályzatai - néhány kisebb hiányosság kivételével - megfeleltek az előírásoknak, de nem volt az intézménynek a szenátus által elfogadott vagyongazdálkodási terve.
Az ellenőrzés alapján az ÁSZ a felsőoktatásért felelős miniszternek, valamint az SZTE rektorának fogalmazott meg javaslatokat, ezek alapján intézkedési tervet kell készíteni, amely végrehajtását a számvevők utóellenőrzés keretében értékelhetik.
