A vízpótlással kapcsolatos feladatokhoz szükséges pénzeszközöket 1995--1998 között biztosították -- állapította meg jelentésében az Állami Számvevőszék. Az elmúlt két évben viszont a vízpótló rendszer üzemeltetésének finanszírozását megosztva látta el a Környezetvédelmi Minisztérium (KöM), illetve a Közlekedési és Vízügyi Minisztérium (Kövim), ami nincs összhangban a vízügyi miniszter feladat- és hatásköréről szóló kormányrendelettel. A közös finanszírozáshoz képest kedvezőtlenebb helyzetbe került a térség 1999--2000-ben, áll a jelentésben, minthogy éves szinten változatlan kiadást feltételezve 1999-ben 51 millió, 2000-ben 31 millió forinttal kevesebb jutott vízpótlásra, mint 1998-ban. 1999-ben és tavaly a KöM annak ellenére finanszírozta felerészben a vízpótlást "A Szigetköz kárainak mérséklése" címén -- a rendeltetési céltól eltérően, illetve jogszabályi felhatalmazás nélkül --, hogy az vízügyi feladat.
A Szigetköz sajátos élővilágának és ivóvízbázisának védelme azt követően vált kiemelten fontossá, hogy 1992-ben a szlovák fél elterelte a Dunát, amivel alig egynegyedére csökkent az átlagos vízhozam. Az Országgyűlés a rá következő évben határozott a térség környezeti kárenyhítéséről. A Szigetközben keletkezett környezeti károk mérséklésére így 1993--2000 között a Környezetvédelmi Minisztérium, a Közlekedési és Vízügyi Minisztérium, valamint a Miniszterelnöki Hivatal (MeH) összesen 3,8 milliárd forintot fordított, míg további 3,1 milliárd lakossági és önkormányzati forrásokból, illetve pályázatokon elnyert pénzeszközökből származott.
A pénzek felhasználását ugyan eredményesnek minősítette az ÁSZ, ám az eredményesség mértékét már nem tudta megállapítani, mégpedig alapvetően azért, mert a célkitűzés számszerűsített paramétereket eleve nem tartalmazott. A vízpótlást szolgáló eljárások emiatt a mai napig szakmai viták kereszttüzében állnak.
A KöM rovására írható még, hogy elmulasztotta a monitoringstratégia aktualizálását, valamint annak a központi adatbázisnak a kiépítését, amely a felmérés adatait lenne hivatott összesíteni. Az elterelést követő időszakban koncepcionális és koordinációs zavarokat is tapasztalt a számvevőszék. A szaktárcák nem végeztek olyan tervszerű előkészítést, amely a kárenyhítési feladatok meghatározásához kellett volna. Akadozva, változó szervezeti rendben működött a dunai kormánybiztosság intézménye hat éven át, jogi szabályozás nélkül. Jelenlegi működési feltételei nem elegendőek a kormányrendeletben foglalt valamennyi feladat ellátására -- olvasható a jelentésben.
Az ÁSZ a fentiek alapján többek között azt javasolja a kormánynak, hogy dolgoztassa át a térségre vonatkozó rehabilitációs és térségfejlesztési stratégiát, illetve vizsgáltassa felül a dunai kormánybiztos feladat- és hatáskörét.