A 65,1 kilométeres Dunaújváros-Szekszárd szakaszt a német Bilfinger Berger AG és az osztrák Porr AG építette. A szakasz alapkövét 2008. november 5-én helyezték el Dunaföldváron.
A 80 kilométeres Szekszárd-Bóly, illetve a Pécsig tartó M60-as szakasz építését még 2008. áprilisban kezdte el a Colas SA és a Strabag AG alapította Mecsek Construction Group.
Az osztott pályás, 2-szer 2 sávos út egyenként 3,75 méter széles forgalmi, illetve 3 méter széles leállósávval épült meg. Összesen 18 csomópont, kilenc pihenőhely kapcsolódik a pályához, és három üzemanyagtöltő állomáson - Fácánkertnél, Pakson, valamint Geresdlaknál - tankolhatnak az autósok.
Szekszárd és Pécs között, Szebénynél épült - a körösvölgyi után - a második leghosszabb, 866 méteres völgyhíd Magyarországon. Magyar gyorsforgalmi úton itt épültek elsőként alagutak: Bátaszéktől Véméndig összesen 3013 méteren négy átjáró halad át, a leghosszabb az 1331 méteres bátaszéki alagút.
A kivitelezők az építkezés során több mint húszmillió köbméter földet mozgattak meg, és több mint két és fél millió négyzetmétert aszfaltoztak le.
Az M6-os déli szakaszán az építkezést hátráltatta, hogy 2008. július 24-én beomlott bátaszéki alagút, s emiatt több mint két hónapig a löszös talajú Geresdi-dombságot átszelő valamennyi átjárónál szünetelt az építkezés. A beomlott alagutat ezt követően a Strabag AG úgynevezett jet-grouting technológiával, azaz cementhabarcs-injektálással végzett nagynyomású
talajszilárdítással építette meg.
A kivitelezés során több súlyos munkahelyi baleset történt, amelyekben a Szekszárd-Pécs szakaszon öt munkás vesztette életét.
Mindkét útszakasz része lesz a hazai autópályák matricás díjfizetési rendszerének. Az üzemeltetést Dunaújváros és Szekszárd között az M6 Tolna Üzemeltető Kft., Szekszárd és Pécs között a Mecsek Autópálya-üzemeltető Zrt. végzi, a díjakat az Állami Autópályakezelő Zrt. szedi majd.
A Dunaújváros-Szekszárd szakasz kivitelezését és üzemeltetését elnyert M6 Tolna Koncessziós Zrt. a 2008. július 16-án kötött 30 éves koncessziós szerződésének végleges nettó jelenértéke 118,6 milliárd forint. A Szekszárd-Pécs szakasz koncessziós társasága, a Mecsek Autópálya Koncessziós Zrt. ugyancsak 30 éves időtartamra kötött, 2038. november 21-ig tartó szerződése 266,1 milliárd forintos nettó jelenértéket képvisel.
A Közlekedési, Hírközlési és Energiaügyi Minisztérium közlése szerint az állam havi bontásban az autópálya-szakaszok rendelkezésre állási színvonalának függvényében fizet a koncessziós társaságoknak. A karbantartás miatt, vagy más okból bekövetkező sávzárások, az üzemeltetés során fellépő esetleges hiányosságok miatt az alapdíj az érintett időszakra arányosan csökkenthető.
A gazdasági tárca az M6-os második fázisa esetében mintegy nettó 1 milliárd, a harmadik fázis esetében mintegy 1,8 milliárd forint havi rendelkezésre állási alapdíjjal számol.
