A teljes test körvonalait megmutató szkennerek használata komoly vitákat váltott ki. Egyrészt a jogvédő szervezetek kifogásolják, hogy a berendezések gyakorlatilag lemeztelenítik az utasokat, így a reptéri személyzet magánjellegű információkhoz jut hozzá. Másrészt többen felvetették, hogy a szkennerek által használt sugarak károsak lehetnek az egészségre.
A kérdés fontosságát növelte, hogy a legfrissebb kutatások szerint a CT és a mammográfiai vizsgálat során alkalmazott sugármennyiség is káros lehet az egészségre. A Newsweek szerint azonban az aggodalmak ellenére a 15-30 másodpercig tartó szkennelés aránylag biztonságos. Az amerikai radiológusok szervezete szerint évi ezer szkennelés felel meg egyetlen mellkas röntgen sugárzási dózisának.
Évente ötezerszer kellene átmenni a vizsgálaton ahhoz, hogy a sugárzás mennyisége elérje a biztonságosság felső határát. Vagyis – írja a lap – a testszkenneres vizsgálat kevésbé veszélyes, mint egyetlen szál cigaretta elszívása.
