Döntéséről Peter Kovarík azt mondta: függetlenül attól, hogy mit gondol az ellene indított eljárásról, elképzelhetetlennek tartja, hogy úgy töltse be a posztját, hogy közben büntetőeljárás van folyamatban vele szemben.
Azért döntöttem így, mert az egész szakmai karrierem során, de főleg az elmúlt évben azért harcoltam, hogy növeljem az emberek rendőrségbe vetett bizalmát
– idézte a főrendőrt az Új Szó. A lap emlékeztetett: Kovaríkot idén januárban nevezték ki rendőrfőkapitánnyá, egy éven belül ő volt a harmadik személy ezen a poszton, aki ellen eljárás indult. Pozsonyi Kerületi Ügyészség augusztus 26-án hivatali hatáskörrel való visszaélés és az igazságszolgáltatás akadályozásának bűncselekménye miatt büntetőeljárást indított Peter Kovařík ellen. Az országos rendőrfőkapitány akkor a vád szerint ideiglenesen meghiúsította, hogy a belügyminisztérium belső ellenőrzési hivatala (ÚIS) végrehajtson egy akciót a rendőrség egy speciális egységében, a Nemzeti Bűnüldözési Ügynökségben (NAKA).
Az akció során az ÚIS három olyan úgynevezett "vezeklő tanút" akart őrizetbe venni, akik vallomásai alapján a NAKA több eljárást folytatott és folytat. Akcióját az ÚIS azzal indokolta, hogy szerinte a NAKA rendőrei befolyásolhatták a vezeklő tanúk vallomásait. Az országos rendőrfőkapitány viszont az ÚIS akciójának meghiúsítását azzal indokolta, hogy – állítása szerint – az ÚIS nyomozótisztje az akció végrehajtásához nem rendelkezett megfelelő engedéllyel. Az őrizetbevételeket célzó akciót némi késéssel később sikerült végrehajtani, de a három személy közül akkor már csak egyet tudtak őrizetbe venni.
Az elmúlt közel egy évben a szlovák rendőrség több kiemelkedő korrupciós ügyben is kizárólag "vezeklő tanúk", vagyis a bűnügyekben személyesen is érintett, ám a tanúskodásért cserébe engedményekre számító személyek vallomásaira hivatkozva vettek őrizetbe gyanúsítottakat. Ezt a módszert sok kritika érte a bűnüldöző szervek berkeiből is, de főként az ellenzéki pártok részéről, amelyek képviselői több eset kapcsán is azt állították, hogy a "vezeklő tanúk" a nyomozás irányítóival egyeztetve célirányosan változtatják vallomásaikat.
Kovarík a személye elleni eljárás megindítását követően visszautasította a vele szemben felhozott vádakat, illetve közölte: panasszal élt az eljárás ellen, illetve elfogultságra hivatkozva óvást emelt a pozsonyi kerületi ügyészség valamennyi ügyészével szemben. Keddi sajtótájékoztatóján Kovarík az eljárásról azt mondta: nem elégíti ki a bűncselekmény fogalmát az, ami a vele szemben felhozott vádakban szerepel, de készen áll arra, hogy megvédje magát, akár a bíróságon is.
