A fennálló rendszerben van olyan szektor (pl. a kereskedelem), amely – miközben a hatóság jelentős erőforrásait köti le – , nem járul hozzá az ellenőrzés költségeihez. Más szereplőkre viszont aránytalanul nagy teher nehezedik (pl. a hússzektorra, a vágóhidakra). A Vidékfejlesztési Minisztérium felülvizsgálja a jelenlegi élelmiszerlánc-felügyelet igazgatási, szolgáltatási díjait, ennek következtében kevesebb díjtétel lesz, és egyes területeken csökkennek a díjak. Összességében a vállalkozások terhei tehát nem növekednek.
Az új adóval a kormány meglátása szerint az arányos teherviselést valósítja meg, felváltva a korábbi igazságtalan rendszert. A felügyeleti díj bevezetésével egyidőben – a kétszeres díjfizetés elkerülése érdekében – a tárca (VM) felülvizsgálja az élelmiszerlánc-felügyeleti területen a hatósági eljárásokért, vizsgálatokért fizetendő igazgatási szolgáltatási díjakat. A meglévő díjak száma jelentősen csökken, egyes ágazatokban pedig a díjak mértéke is mérséklődik. Így összességében a vállalkozások terhei nem fognak növekedni.
A VM elképzelései szerint a felügyeleti díj mértéke az élelmiszerlánc-felügyelet alá tartozó tevékenység utáni bevétel vagy jövedelem 0,1%-a (egy ezrelék) lesz, mely közvetlenül az élelmiszerlánc-felügyeleti hatósághoz folyik be. Mentesülnek a felügyeleti díj megfizetése alól azok a mezőgazdasági kistermelők, akiknek SZJA-köteles éves (adóév) jövedelme nem haladja meg a 8 millió forintot.
