A strukturális és kohéziós alapok fogadására való felkészülés egyik fontos eleme a monitoringrendszer átalakítása. A vegyes monitoringbizottságok megjelenésével a hazai monitoringintézmények egy része feleslegessé vált. Az új rendszer azonban még az eddigieknél is hatékonyabban végzi majd tevékenységét, az NFT keretében felvett EU-támogatásokat elnyerő pályázók tehát biztosak lehetnek abban, hogy projektjeik megvalósulását lépésről lépésre nyomon követik.